18/06/2018

Ocean Gene Atlas


Ocean Gene Atlas, u OGA, es el nombre dado al nuevo sitio web que permite una exploración de los numerosos y complejos datos producidos por la expedición Tara Oceans. Un equipo del Instituto Mediterráneo de Oceanología (MIO), adscrito al consorcio científico y liderado por Emilie Villar y Pascal Hingamp, ha construido esta herramienta. Ella permite a los científicos interesados interrogar a la enorme base de datos genéticos, medioambientales y taxonómicos de Tara Oceans.

Los datos recolectados por el muestreo global del plancton oceánico realizado por la goleta son públicos y gratuitos. Pero en la práctica, la experiencia necesaria en programación informática para explorarlos era una barrera para muchos científicos. Para superar esto, el equipo de MIO ha creado OGA, que reúne todos los datos complejos y los hace legibles para cualquier investigador interesado en la vida y evolución del plancton marino. Esta iniciativa hace que el potencial de los datos de Tara Oceans sea explotado al máximo y derive en nuevos conocimientos.

Con un simple “clic” y unos pocos segundos de paciencia, un oceanógrafo podrá conocer la distribución global y la abundancia de un gen de interés, todo ello en relación con las condiciones ambientales (temperatura, concentración de oxígeno, pH, salinidad, etc.). También podrá saber qué tipos de organismos llevan este gen en el océano global. Este análisis rápido y detallado puede permitir validar hipótesis sobre la función de un gen, o revelarlo donde no se esperaba, por ejemplo, en el genoma de otros organismos. Todo esto proporciona información valiosa sobre la evolución y la capacidad de adaptación del plancton marino, del que dependen el resto de la cadena alimentaria marina y los equilibrios climáticos.

En la actualidad, la mayoría de los datos disponibles en OGA provienen de la expedición Tara Oceans: más de 150 millones de genes, sin hablar de los datos ambientales y taxonómicos. El catálogo de OGA se expandirá gradualmente, al ritmo de las campañas oceanográficas. Por ejemplo, pronto se agregarán datos de las muestras de Tara Polar Circle. Algunas características del sitio también se mejorarán, en particular el análisis taxonómico.